Prof. Błażej Skrzypulec prowadzi badania z zakresu filozofii umysłu i percepcji. W szczególności interesuje się strukturalnymi aspektami doświadczeń zmysłowych, zwłaszcza niewizualnych i multimodalnych. W ramach tego obszaru badał m.in. sposoby reprezentowania tożsamości w we wzroku i słuchu, percepcję ciszy, przestrzenną strukturę reprezentacji cielesnych, treść doświadczeń węchowych oraz multimodalną strukturę percepcji smaku. Obecnie pracuje nad filozoficznymi zagadnieniami związanymi z integracją multisensoryczną.